Huyện được thành lập năm 1969 trên cơ sở sáp nhập 2 huyện Quỳnh Côi và Phụ Dực.

Trước khi sáp nhập:

• Huyện Quỳnh Côi có thị trấn Quỳnh Côi và 22 xã: Quỳnh Bảo, Quỳnh Châu, Quỳnh Giao, Quỳnh Hà, Quỳnh Hải, Quỳnh Hội, Quỳnh Hoa, Quỳnh Hưng, Quỳnh Khê, Quỳnh Lâm, Quỳnh Lương, Quỳnh Lưu, Quỳnh Minh, Quỳnh Mỹ, Quỳnh Ngọc, Quỳnh Nguyên, Quỳnh Sơn, Quỳnh Thái, Quỳnh Thọ, Quỳnh Trang, Quỳnh Vân, Quỳnh Xá.
• Huyện Phụ Dực có 18 xã: An Ấp, An Bài, An Cầu, An Đồng, An Dục, An Hiệp, An Khê, An Lễ, An Mỹ, An Ninh, An Quý, An Thái, An Thanh, An Tràng, An Vinh, An Vũ, Đông Hải, Đồng Tiến.

Sau khi hợp nhất 2 huyện trên, huyện Quỳnh Phụ có thị trấn Quỳnh Côi và 40 xã: An Ấp, An Bài, An Cầu, An Đồng, An Dục, An Hiệp, An Khê, An Lễ, An Mỹ, An Ninh, An Quý, An Thái, An Thanh, An Tràng, An Vinh, An Vũ, Đông Hải, Đồng Tiến, Quỳnh Bảo, Quỳnh Châu, Quỳnh Giao, Quỳnh Hà, Quỳnh Hải, Quỳnh Hội, Quỳnh Hoa, Quỳnh Hưng, Quỳnh Khê, Quỳnh Lâm, Quỳnh Lương, Quỳnh Lưu, Quỳnh Minh, Quỳnh Mỹ, Quỳnh Ngọc, Quỳnh Nguyên, Quỳnh Sơn, Quỳnh Thái, Quỳnh Thọ, Quỳnh Trang, Quỳnh Vân, Quỳnh Xá.

Ngày 18 tháng 12 năm 1976:

• Hợp nhất 2 xã Quỳnh Lưu và Quỳnh Thái thành xã Quỳnh Hoàng.
• Hợp nhất 2 xã Quỳnh Lương và Quỳnh Vân thành xã Quỳnh Hồng.
• Giải thể xã Quỳnh Hà.

Ngày 26 tháng 12 năm 1990, mở rộng thị trấn Quỳnh Côi trên cơ sở sáp nhập 2,2891 ha diện tích tự nhiên và 199 nhân khẩu của xã Quỳnh Hồng; 0,5138 ha diện tích tự nhiên và 45 nhân khẩu của xã Quỳnh Mỹ.

Ngày 16 tháng 5 năm 2005, giải thể xã An Bài để thành lập thị trấn An Bài.

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, sáp nhập 2 xã Quỳnh Châu và Quỳnh Sơn thành xã Châu Sơn.[3]

Huyện Quỳnh Phụ có 2 thị trấn và 35 xã như hiện nay.